VGHMÚř je vojenské zařízení se speciální vojensko-odbornou působností a zodpovědností. Zabezpečuje sběr informací, tvorbu a správu standardizovaných geodetických, kartografických a geografických podkladů a map a speciálních databází určených pro zabezpečení obrany České republiky. Plní úkoly přímé geodetické, geografické a hydrometeorologické podpory velitelů a štábů vojsk při výcviku, řešení humanitárních operací a zejména při ohrožení bezpečnosti České republiky. Je předurčen pro plnění úkolů Host Nation Support při výcviku ozbrojených sil aliance NATO na území České republiky a při případném posílení ozbrojených sil České republiky v případě válečného konfliktu. Plní speciální úkoly geodetického, geografického a hydrometeorologického zabezpečení na území České republiky i v zahraničí.

VGHMÚř zabezpečuje výkon státní správy v oblastech definovaných zákonem č. 200/1994 Sb., o zeměměřictví, a příslušnými vyhláškami Českého úřadu zeměměřického a katastrálního v oblasti geografického zabezpečení, a zákonem č. 49/1997 Sb., o civilním letectví, v oblasti poskytování leteckých meteorologických služeb letectvu AČR.